بدأ الإسلام ينتشر في جيبوتي في فترة حياة الرسول محمد صلى الله عليه وسلم، وحالياً يقارب نسبة المسلمين فيها 94%، علماً أن عدد سكان جيبوتي اقتربوا من 900 ألف نسمة.
معظم مسلمي جيبوتي من السنة ويتبعون المذهب الشافعي، مع وجود انتشار بسيط للصوفية والقادرية والأحمدية والصالحية.
بعد أن استقلت جيبوتي عن الاستعمار الفرنسي عام 1977 اعتمد فيها النظام الجمهوري، وسنت الأنظمة فيها حسب الشريعة الإسلامية. كما يوجد في كل مدينة بالدولة جامع يَذهب الناس إليه للصلاة، كما تحولت بعض مقابر رجال الدين القدامى إلى أماكن ذات قيمة روحانية، ومن أشهر هذه الأماكن مقام الشيخ أبو اليَزيد الموجود في جبال فودي.
